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Juve, attenta: il Villarreal è imbattibile per i club italiani
Nel 2002 il Villareal ha eliminato il Torino dall'Intertoto rimontando lo 0-2 dell'andata e imponendosi ai rigori. Stessa competizione e stessa sorte per il Brescia nel 2003, con il successo del Sottomarino Giallo per 2-0 all'andata e l'1-1 al Rigamonti nel ritorno.
Nel 2004 toccò alla Roma l'eliminazione per mano del Villarreal in Coppa Uefa: 2-0 per gli spagnoli a Vile-Real e vittoria giallorossa per 2-1 all'Olimpico.
In Champions League nel 2006, doppio confronto tra Villarreal e Inter: l'1-0 iberico al ritorno (Arruabarrena), dopo la vittoria dell'Inter 2-1 a San Siro all'andata.
Nel 2009 toccò alla Lazio incontrare il Villarreal nel girone di Europa League venendo poi eliminata. Al successo all'Olimpico fece seguito il crollo al La Ceramica (1-4). Per completare il quadro, il Villarreal ha eliminato anche due volte il Napoli in Europa League e quest'anno ha fatto fuori l'Atalanta dal girone di Champions, vincendo lo scontro diretto 3-2 a Bergamo all'ultima giornata del girone dopo aver pareggiato 2-2 in casa.